锦鲤的分类，根据鳞片的差异可分为两大类，即普通鳞片型和无鳞型或少鳞型，无鳞的草鲤和少鳞的镜鲤是从德国引进的，所以常叫做德国系统锦鲤。按其斑纹的颜色即可分为三大类，即单色类如浅黄、黄金、变种鲤等；双色类如红白、写鲤、别光等；三色类如大正三色、昭和三色、衣等。
现在，全日本的“爱鳞会”则采用13种的分类法：红白、大正三色、昭和三色、写鲤、别光、浅黄秋翠、衣、变种鲤、黄金、花纹皮光鲤、写光鲤、金银鳞、丹顶。
１、红白锦鲤 红白锦鲤的底色为白上衬红色斑纹，是日本锦鲤的正统，有“绐于红白，终于红白”的美称。红白锦鲤中最可贵的品种是白色中绯红色要在眼部之上；其次是嘴部，没有绯红色而只是白色的是上等鱼。
根据其背部斑纹的数量、形状和部位可分为如下品种：
(1)二段红白锦鲤在洁白的鱼体上，有2段绯红色的斑纹，宛如红色的晚霞，鲜艳夺目。躯干部的红斑，要左右对称才算佳品。
(2)三段红白锦鲤 在洁白的鱼体背部生有3段红色的斑纹，非常醒目。
(3)四段红白锦鲤 在银白色的鱼体上散布着4块鲜艳的红斑。
(4)一条红锦鲤 从头部到尾柄有一红色的条带。
(5)闪电纹红白锦鲤 鱼体上从头至尾有一红色斑纹，此斑纹形状恰似雷雨天的闪电光弯弯曲曲，因此而得名。
(6)富士红白锦鲤 在头上有银白色的粒状斑点，就像是富士山顶的积雪。 但是此斑点一般只出现在1龄或2龄的鱼体上。
(7)御殿樱锦鲤 小粒红斑聚集成葡萄状的花纹，均匀地分布在鱼体背部两侧。
(8)金樱锦鲤 御殿樱锦鲤红色鲜艳的鳞片边缘嵌有金色的线，称为金樱锦鲤。此是名贵品种，外表非常美丽。
２、大正三色锦鲤 大正三色锦鲤产生于1915年日本大正时代。其主要特点是在鱼体的纯白底色上布红色和黑色斑纹。这种鱼，最好的是黑色部分如墨一样黑，背侧有大的绯红色斑纹和黑色斑纹和谐地排列。所有的颜色必须显现在背部上方才算正品。大正三色锦鲤有的以斑纹新奇的色彩而制胜；有的却以姿态优雅、体形丰满、格调奇特而引入注目。
根据其鱼体上红、黑色斑的分布可分为：
(1)口红三色锦鲤 在鱼的嘴唇上生有圆形的鲜艳小红斑，极为俊俏。
(2)赤三色锦鲤 指从头至尾柄有连续红斑纹的大正三色锦鲤。
(3)富士三色锦鲤 在鱼体雪白的底色上，除有红、黑两种斑纹以外，头部出现银白色粒状斑纹。
(4)德国三色锦鲤 以锦鲤为基本型，鱼体无鳞，在白色皮肤上，赫然呈现出红、黑斑纹。幼鱼时期鱼体尤为华丽。
３、昭和三色锦鲤 昭和三色锦鲤产生于1927年日本昭和年代。其主要特点是鱼体的黑色底色上有红、白花纹点缀，胸鳍基部有圆形黑斑，又称元黑。昭和三色锦鲤具有较高的观赏价值，华丽而矫健，是锦理中的精华。
其主要品种有：
(1)淡黑昭和锦鲤 在其黑斑上，所有的鳞片呈浅黑色，淡雅优美，别具风采。
(2)绯昭和锦鲤 从头部至尾部，有大面积的红色花纹，红黑相同，艳丽而庄重。
(3)近代昭和锦鲤 鱼体仍由黑、红、白三色组成，但是白色斑纹居多，黑纹犹如黑点白宣，具有大正三色锦鲤的鲜明色彩。
(4)德国昭和锦鲤 以镜鲤为基本型。德国鲁鱼体披上昭和三色锦鲤的彩衣， 花纹鲜明。
４、写鲤 写鲤的体色是以黑色为基底，上面有三角形的白斑纹或黄斑纹或红斑纹。
其品种有：
(1)白写锦鲤：其三角形斑纹呈白色。此鱼黑白分明。
(2)黄写锦鲤：其黄斑纹金黄而有光泽。
(3)绯写锦鲤：其三角形斑纹呈橙红色，胸鳍也有红色斑纹。
５、别光锦鲤 在洁白、绯红、金黄的不同底色上呈现出黑斑的锦鲤，称为别光锦鲤。
其品种有：
(1)白别光锦鲤 鱼体的底色洁白，其上的黑斑纯黑，色浓，分布于躯干部和尾柄部，黑白相同，色彩极为明快清秀。
(2)赤别光锦鲤 鱼体底色为红色，背部有黑斑纹。
(3)黄别光锦鲤 在黄色的鱼体上，点缀着漆黑如墨的黑斑。
６、浅黄锦鲤 此类鱼是锦鲤的原种之一。其背部呈深蓝色或浅蓝色，鳞片的外缘呈白色，左右颊颚、腹部和各鳍基部呈红色。
根据其体色浓浓程度可分为：
(1)绀青浅黄锦鲤 鱼体呈鲜艳的深蓝色。
(2)水浅黄锦鲤 是浅黄锦鲤中鱼体颜色最浅的一种。
(3)秋翠锦鲤 其背部光润，呈钴蓝色，鱼体犹如秋季湛蓝色的天空；下腹部生有鲜艳的红色斑纹；在鱼背和侧线处各有一条排列紧密的鱼鳞，从头通向尾部。
７、衣锦鲤 衣锦鲤是红白锦鲤与浅黄锦鲤杂交的后代。所谓衣，是指在原色彩上再套上一层好像外衣的色彩。
其品种有：
(1)蓝衣锦鲤 是红白锦鲤与浅黄锦鲤杂交的后代。在红色斑纹上略带色，而红斑上的鳞片后缘又有半月形的蓝色网状花纹。是锦鲤中受欢迎的品种之一。
(2)墨衣锦鲤 在红白锦鲤的红斑上再浮现出黑色的斑纹。
(3)衣三色锦鲤 是蓝衣锦鲤与大正三色锦鲤交配所产唾的品种。在大正三色锦鲤的红色斑纹上显露出蓝色斑纹。
(4)衣昭和锦鲤 是蓝衣锦鲤与昭和三色锦鲤交配所产生的品种。在昭和三色锦鲤的红斑上出现蓝色斑纹。
８、变种鲤 按锦鲤的13种分类法，除其中12种以外的其他品种都归属为变种鲤。变种鲤大多彩古朴，主要品种有：
(1)乌鲤 是由绀青浅黄锦鲤衍变的，鱼全身黑色，庄重大方，具有一定的欣赏价值。根据鱼体上出现白色斑纹的部位又分为羽白锦鲤(胸鳍未端呈现出白色)、秃白锦鲤(胸鳍边缘、鼻尖、头顶呈白色)和四白锦鲤(头部、左右胸鳍、尾鳍呈现白色)。
(2)黄鲤 鱼体呈明亮的黄色，闪闪发光。有红眼黄鲤和黑眼黄鲤之分。
(3)茶鲣 鱼体呈茶色。
(4)绿鲤 全身呈明亮的黄绿色。
(5)松叶锦鲤 与浅黄锦鲤同属古老的锦鲤品种。在每片鳞上浮现出黑色斑纹。若在红色鳞片上浮现白色斑纹，称为白松叶锦鲤。若在赤色鳞片上出现黑色斑纹，称为赤松叶锦鲤。
９、黄金锦鲤 指鱼体为单色金黄的鲤鱼。此类锦鲤中的代表品种有：
(1)山吹黄金锦鲤 鱼体呈纯黄金色，鱼鳞排列整齐，亮晶晶的，发出金黄般的光芒。
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