（二）生理性伤害
1．光照不足
水草在生长过程中，由于光照不足，会降低水草的光合强度，同时也就影响了水草的正常生长发育。如红柳、红蝴蝶等红色水草，因光照不足会使叶内的花青素减少，而叶绿素增多，以后就逐渐地变为绿色，原来那种艳红夺目的色彩慢慢地消褪；绿色水草若在光照不足情况下，也表现出黄化、植株纤弱、生长不正常。如果把它放在光照充足的条件下，水草又慢馒地恢复了正常，叶色也翠绿欲滴；红色水草也变得艳红耀眼。因此，要加强光照避免光照不足而影响植株的正常生长。
2．水温过高过低
水箱的水温过高，使水草的叶片或幼嫩部分发生的伤，导致落叶或黄化等现象发生，严重时，叶片易于腐烂和溶解。
水温过低的话，对多数热带或亚热带水草的生长发育也会有影响。如植株体内的代谢机能降低，并停滞生长。有时也使植株全株或局部发生坏死、烂根等症状。
3．脱水现象
水草的脱水是一种生理现象（烧枝），其原因主要是施肥过多所致。因水中的总离子浓度高于水草体内，发生了渗透作用，于是就出现缩水现象。发生轻微时，叶形变小，幼叶卷曲不伸展；若严重时，全株叶片脱落，渐而腐烂死亡。
（三）生物机械伤害
1．螺类食伤
螺类等软体动物是清除水箱藻类的帮手，但有时为了补充食源，螺类也为害水草。被伤害的水草，叶茎残缺不全，往往会影响观赏效果。此外，受伤处也易被细菌感染。解决的办法只有迅速地移走螺类。
2．鱼类损伤
一些种类的热带鱼在原产地均以水草作为食源。现在作为观赏鱼来饲养，虽喂的是人工饲料，但仍改不了吃水草的习性。所以，在水箱里避免养像泰国鲫。八字娃娃等食草鱼类，还有些鱼如皇冠泥鳅等虽不吃水草，但有掘穴的习性，因此也伤害了水草的根系部分。
（四）藻害种类
1．红藻类
红藻（包括刷状藻和须状藻等）对水草的破坏性较大。其特点喜于明亮场所滋生，所以玻璃壁和沙砾上都附生着红藻类，严重时有碍于观赏。须状藻为害水草时，则呈卷曲状附着于叶的尖端；而刷状藻在水草叶面、茎及根上长出厚密的刷状物，类似于陆地上的草坪。
2。 绿藻类
绿藻的种类很多，有丝状的，也有斑点状的。丝状藻类一般附着水草而生；斑点状藻却附在玻璃壁或水榕类等水草叶面上。若丝状藻附着在鹿角苔等水草上，则很难除净。
3．蓝藻类
蓝藻是一种危险性的藻类，很容易发生在初设的水箱内。其特点就是繁殖快，生长迅速。附生在水草上时，形成一层脂膜而抑制水草的呼吸作用。
