进行大批量、长距离的活体水产品运输，可以采用汽车、火车、船只、飞机等多种运输工具进行陆地运输、水运或空运。
1．陆地运输
如鲤鱼、鲫鱼、草等四大家鱼和石斑鱼、真鲷等，可加水、加冰充氧朦胧和运输车运送；日本对虾、斑节对虾、罗氏沼虾、鲍鱼、牡蛎等，可加冰低温运送；青蟹可使用竹箩运送；文蛤、毛蚶、贻贝、扇贝及蚬等则用编织袋运送。
2．海上船只运输
近几年由于东南沿海的经济发展，促进了水产市场的繁荣，活鱼海运发展迅速。福建、浙江、海南、广东等沿海渔民和水产经营者，利用海运将石斑鱼、海鳗等海鲜运销日本、港澳等地。但在运销过程中，发现往往由于缺氧、排泄物的累积、二氧化碳尝试增加、PH值变化大，以及水的晃动使鱼体粘膜剥落和体表损伤等，大大影响海鲜的成活率和质量。因此，在运输过程中要注意保持水环境的稳定，应采取补氧、停饵、空肚运行、适当降低水温、经常过滤和把排泄物集中隔离处理等措施，以保证运输的存活率。
3．空运
近几年来水产品的空运得到迅速发展，尤其是龙虾，这在后面会详细论述。
4．自然状态的活鱼运输装置
这种运输装置的特点是考虑到活鱼的生态环境和在水槽内的活动情况而设置了回流水槽，并配有可根据鱼的种类调节流速的水流发生装置、水温自动调节装置、供氧装置以及高性能海水生物净化装置，使之接近于自然环境状态，解决了活鱼的大量、长期远距离的运输问题。这种装置不仅用于卡车，也可应用于铁道和船舶运输。卡车装载用的活鱼储存器长5.5m，宽2.2m，高1.6m，里面装有回流型活鱼水槽（容量约5m3）和各种装置。
5．新的活鱼运输系统
日本下关技术合作中心近年来开发了一种新的活鱼运输系统，由运鱼柜和一套制冷设备组成，安装于3.5-4吨的卡车上，运送鲜活的比目鱼、蟹和其他海鲜水产品。这种运输系统与普通的运鱼水柜不同，运鱼柜内置有多孔的垫，垫内含有特殊形式的水，将鱼置于垫上，鱼柜中有少量的循环水，其温度和湿度保持在某一固定的量级。运输的鱼处于冬眠状态，一般在20小时内，鱼的存活率达95%。一般的运输系统在运输过程中由于途中剧烈颠簸，使鱼受震动而易疲乏，而且卡车因水箱中水的摇摆晃动形成较大的惯性而难于驾驶。本系统不用水箱，可免除这种弊病。此外，本系统也能安装于飞机和船舶。是一种很有前途的活鱼运输系统。
日本著名食物专家克田发明了一项活鱼保鲜新技术。在放鱼的池子里充入5%的二氧化碳和50%的氧气，可使鱼处于睡眠状态。在这种混合气体中鱼可熟睡30小时，便于运输。在到达目的地后，只需把鱼放回水中，几分钟后鱼就会苏醒。
