褐塘鳢在养殖过程中也会发生鱼病，一般鱼病多在低水期、江河流量少的时间发生。在养殖过程中，每年都有很多鱼由于鱼病而死亡。鱼病主要有寄生虫病和细菌性疾病。
一、寄生虫病
寄生虫病主要为锚头鳋。它主要附着在鱼的鳞片、尾鳍和口等部位，象锚一样插在鱼体的肌肉吸血。它寄生在鱼体上，造成生长缓慢，引起寄生部位损伤，除这以外，它还常常因损伤而感染真菌和细菌并发症。出现并发症的鱼的部位变成茶色。这种并发症引起鱼体衰弱而死亡。
二、细菌性疾病
1、体侧变烂病
这种病的症状是鱼体侧部变成红色。如果恶化，肌肉就会露出，鳃部感染就会出现青色。本病主要由 Aeram aria s hydrophila 菌引起。
2、烂眼病
本病除了一只眼或两只眼变细长外，鱼体没有什么明显变化。患病鱼常常呈现来回游动的状态。此病曾在1977年引起大量死亡，但还未弄清楚原因。一般认为是由于缺乏维生素B2引起细菌感染的结果。
3、鱼体出血病
本病的特征是鱼体出血。解剖时可以看到胃部发红，如果恶化，尾鳍腐烂，周围出血。1978年终至1979年初曾流行引病，引起大量死亡，但死亡原因不明。
三、鱼病防治
到目前为止，除用一些抗生素药物治疗外，还未有特效药治疗鱼病。对褐塘鳢鱼病主要着重于预防。
1、选择健康无病的鱼种。在育成过程中要加强鱼的营养需求，使鱼得以迅速地成长。
2、放养密度要适中，一般保持70-100 尾/米2。在放养过程中，要防止鱼的损伤。种鱼放入笼箱养殖时，要用高锰酸钾溶液10毫克/升药浴约5-10分钟。
3、笼箱要及时清洗，使笼箱内水质保持清洁。病、死鱼一经发现要从笼箱中捞出埋入地下或烧毁，切勿再扔入河中，以免鱼重复感染。
