长毛对虾主要病害有红脚病、萤光病，链壶菌病，镰刀菌病、匹里虫病及针杆藻病，其中危害较大有：红脚病、真菌病和萤光病。
（1）红腿病症状与防治：弧菌病，俗称红腿病，病虾附肢呈红色，尤其是游泳足及尾肢，有的病虾头胸部及腹部壳面呈淡黄色，鳃部呈黄色，有的还具有黄色或黑色斑点，有的病虾胃微红，触须断掉，肌肉白浊不透明。
防治方法：在高温发病季节，可用1-3ppm漂白粉进行水体消毒杀菌，以减少水体中的病原菌。内服抗菌素，磺胺类及呋喃类药物进行虾体内杀菌，有较好的治疗效果。
（2）真蓖病症状与防治：幼体被真蓖寄生之后，身体变得不透明，呈灰白色，运动能力下降，趋光性减弱，摄食减少或不摄食。镜检可见到幼体的头部，腹部附肢及眼睛等具有少量的初生菌丝或充满菌丝体。成虾患有真菌病会引起鳃部变黑，烂鳃，眼睛凹陷等。
防治方法：长毛对虾患有真菌病，可使用10-20ppb亚甲基进行防治，具有良好的效果。
（3）营光病症状与防治：萤光病是由一种假单孢杆菌引起。对虾幼体患有萤光病，摄食，趋光能力减弱，身体发白，尤其是头胸部呈乳白色，频临死亡的幼体在夜间会发生萤光，幼体死亡后发萤光的光度更强，成虾发病，主要在鳃部，头胸部及腹部，严重时对虾全身会发出萤光。
防治方法：预防萤光病的发生与蔓延，应加强水质控制，使水质保持良好。适当控制幼体的密度；掌握好投饵量；并不定期使用抗菌素和呋喃类药物进行防治。
