（1）根据症状及流行情况进行初步诊断。
（2）必须用显微镜进行检查，作出诊断。因有些黏孢子虫不形成肉眼可见的胞囊，仅用肉眼观察就检查不出；同时，即使形成肉眼可见的胞囊，也必须将胞囊压成薄片，用显微镜进行检查，因为形成胞囊的还有微孢子虫、单孢子虫、小瓜虫等多种寄生虫，用肉眼观察无法鉴别。
（3）作为口岸检疫，是不允许带有被列为检疫对象的病原体（如脑黏体虫）的水产品输出或输入的，所以仅用肉眼观察及取组织压片镜检是远远不够的，极易漏检，所以必须采用以下方法进行检查：
①用胃蛋白酶和胰蛋白酶消化鱼的头部，然后用55%葡萄糖溶液离心沉淀后进行镜检。
②将组织匀浆后，加生理盐水拌匀，用浮游生物连续沉淀器进行沉淀后再镜检。
③将组织匀浆后，加生理盐水拌匀，用100目筛网过滤，滤液再离心10-15分钟，每分钟转l000-1500次；沉淀物反复加生理盐水拌匀离心多次，最后取沉淀物镜检。
（4）陶增思等（1995）报道，用吉陶单极虫孢子期虫体的可溶性抗原（超声波破碎）分别免疫小鼠和新西兰白兔制备单克隆抗体、多克隆抗体。前者经4次克隆、筛选，共获得4A8、6B8、7B9三株杂交瘤细胞；后者经5次免疫获得高免血清。采用4A8、6B8、7B9三株杂交瘤细胞的小鼠腹水1：1000稀释液，经酶联免疫吸附技术可检出抗原的最低浓度分别为0.14微克/毫升、0.20微克/毫升、0.32微克/毫升，多抗（1：500）为0.43微克/毫升，1：1000混合单抗（4A8：6B8：7B9＝1：1：1）为0.11微克/毫升。用间接荧光抗体技术定位显示，单抗、多抗的抗原都位于虫壁。其中4A8的抗原主要位于虫体后部（胚核附近），6B8、7B9的抗原主要位于虫体前部（极囊附近）和极丝。4A8结合的抗原分子量为72KD；多抗结合的抗原分子量分别为58KD、70KD和88KD。这将为早期、准确、快速的诊断提供有力的物质基础。
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