一、病害种类造成黑鲪死亡的病害种类很多，但主要是寄生虫病（包括蠕虫病和寄生甲壳动物）及细菌性疾病。
蠕虫病主要是异斧虫，属于单殖吸虫（雌雄同体）。病原寄生在鱼体的腮弓上，以宿主的血液为食。当寄生数量多时，宿主分泌大量黏液，腮瓣变白或出血，甚至崩坏，出现贫血症状，表现为不摄食，体色变黑，体质弱，无力游泳。
寄生甲壳动物寄生甲壳类主要有鳋类、鱼虱类,寄生在鱼类的口腔、鳃腔和体表。由于这些寄生虫个体较大，一般肉眼均可看见。
细菌性疾病为继发性疾病。细菌种类主要是弧菌，包括副溶血弧菌、鳗弧菌、哈维氏弧菌、创伤弧菌、溶藻胶弧菌等。鱼体感染后表现出血和溃烂症状。
水霉菌病在黑鲪养殖中的6月下旬到9月中旬期间，由于海水水温的回升较快及夏季水温的增高，饲育水体的交换量差或水的过滤不佳，为水霉菌的生存与繁衍提供了最佳条件，从而导致水霉菌病在鱼体体表的附生，患病严重的鱼体体表附一层白膜，受伤的鱼体擦伤部位常有霉菌入侵到真皮组织，印发皮肤的溃烂、充血、鳍的赤红溃烂，并发弧菌的滋生，最终导致鱼的死亡。
二、发病机理自然海区普遍生长着蠕虫和寄生甲壳动物，它们在海水中游动寻找宿主，常常寄生在黑鲪的腮弓上，以吸食鱼的血液为生，引起鱼腮出血，鱼因此感觉不适，腮部发痒，就游到网边在网上磨擦，导致腮盖和鱼体损伤，继发感染细菌性疾病，损伤部位出血甚至溃疡。在病态下，黑鲪游泳无力，摄食量降低甚至不摄食（解剖可看到鱼为空胃），体质极弱，最后衰竭而死亡。
三、网箱养鱼生产中存在的问题海区选择问题网箱养殖海区的选择，既要考虑最大限度满足海水鱼对环境条件的要求，又要考虑符合网箱养殖方式的特殊要求，应选择背风向阳、潮流畅通、风浪较小的沿海内湾海区。海区要有一定深度，保证最低潮时箱底距海底在1.5米以上。海区流速在1米/秒以内，避免洄旋流海区。
网箱布局问题有些网箱分布在半封闭的内湾，布局不合理，设置过密，大大超过海区环境容纳量。有效水体的鱼类养殖密度太高，每立方水体多达50多尾，致使水流不畅，局部严重缺氧，网箱内鱼类大量窒息死亡。
管理问题日常管理不够规范，投饵比较盲目；夏季投喂的小杂鱼新鲜度较差，冻品鱼的氨氮等指针均超标；死鱼随手乱扔，病鱼处理液、生活垃圾等都往海里倾倒，加剧海区污染。
饲料问题当前投喂的饲料大多数为鱼糜饵料，该饵料会引发以下五个问题：一是进一步加剧对近海资源的破坏；二是污染海域环境；三是由于天气、季节、海况等变化，无法保证每日有足够的饲料鱼供应，影响养殖生产；四是由于水质、底质污染及饲料鱼无法保证供应，会诱发病害的发生；五是饲料系数高、营养不平衡，造成成本高、质量差、效益低。
鱼病的控制问题网箱养殖长期投喂冰鲜杂鱼，严重破坏海区养殖环境，病菌滋生，鱼病问题日益复杂。加之盲目投药、过量用药，不但污染了水质，加大了病原体的抗药性，提高了养殖成本，还直接危及人类健康。
四、疾病的控制措施对黑鲪病害的防治，着重强调“防重于治”。黑鲪生活在水中，通常情况下其体质状况不易观察到，这对及时发现患病个体并进行防治造成一定的困难；其次，鱼患病后，大多数失去食欲，不吃食，药物难以按要求的剂量进入其体内。所以，对养殖鱼类的病害防治重点应放在预防和控制方面，治疗只是一种迫不得已的补救措施。采用的“健康养殖”管理措施有：1.放养健壮和不带病原的苗种，控制放养密度，要求放苗密度不要太大，根据鱼体的生长情况，及时分苗，调整放养密度，减少同一种类接触传染的机会，以利于提高养殖成活率。
2.投喂优质饲料要投喂新鲜、适口的饵料。投喂时要注意观察鱼的摄食情况，根据鱼的摄食量确定投喂量，不要过多地投喂，以免残饵污染水体，减少鱼的发病机会，及时更换和刷洗网衣，保持良好的鱼类生长环境。
3.保证充足的溶解氧水产养殖动物对于氧气(溶氧)不仅表现在呼吸直接的需要，而且还表现在其环境上的需要。保持养殖水体中溶氧在10毫克/升以上，不仅是预防养殖动物病害的需要，同时也是保护养殖环境的需要。
4.加强日常管理每天测定海区水温、盐度、PH值、透明度等水质指标，当水温18℃以上时，鱼体每月进行一次淡水浴，夏季则15天淡水浴一次，以去除鱼体表面的寄生虫；必要时要进行高盐度海水浴，添加食盐至海水盐度为80‰，沐浴3~5分钟。
5.正确使用药物有些药物，例如抗菌素，如果经常使用就可能使病原菌产生抗药性和污染环境。因此不能有病就用抗菌素，应在正确诊断的基础上对症下药，并按规定的剂量和疗程，选用疗效好、毒副作用小的药物。
(1)治疗鱼体寄生虫病可用甲苯咪唑、敌百虫等药物，在网箱内按鱼体的5~15%使用药物，在饵料内加入上述药物采用内服的方法也有一定作用。或者在喂鱼时使用吊药袋，每袋装敌百虫、乙酰甲氨磷、二溴磷等25~50克，15天一次。
(2)治疗细菌性疾病可使用土霉素、强力霉素，用量为每公斤鱼50~80毫克；使用氟哌酸、氟苯尼考，用量为每公斤鱼30~80毫克。
6.实施消毒措施(1)苗种消毒：可用50毫克/升PVP－I(聚乙烯吡咯烷酮碘)，或10~20毫克/升高锰酸钾或10~20毫克/升漂白粉等药浴10~30分钟。药浴的浓度和时间根据不同的养殖种类、个体大小和水温灵活掌握。
(2)工具消毒：养殖用的各种工具，例如网具、塑料和木制工具等，常是病原体传播的媒介，特别是在疾病流行季节，可用高锰酸钾或漂白粉等浸泡，然后用清水冲洗干净，再行使用。
(3)饲料消毒：投喂的配合饲料可以不进行消毒；如投喂鲜活饵料，应以100~200毫克/升漂白粉浸泡消毒5分钟，然后用清水冲洗干净后再投喂。
