引起湘云鲫（鲤）发生疾病，主要决定于生物病原体，鱼体的自身抗病力和外界环境三方面，引起湘云鲫（鲤）发病的环境因素有自然条件（如水温变化，水质和水中溶解氧的变化等），人为因素（放养密度不当，及混养比例不合理，饲养管理不善，机械性损伤等）和生物因素，三者彼此相关。
湘云鲫（鲤）发生疾病多数由各种微生物病原体传染或侵袭鱼体所致。一部分是由病毒、细菌、真菌、藻类等病原体引起的传染性鱼病，另一部分是原生动物、蠕虫、甲壳动物，蛙类等病原体（寄生虫）引起的寄生虫病。
此外还有敌害动物的直接吞食或间接危害鱼类，如凶猛鱼类，克氏鳌虾、水生昆虫、翠鸟、蛙类、水蚊等。
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