养殖池中淤泥积累过多，滥施药物，残剩饲料过多，都会引起水体污染。生物防治养殖水体污染可从控制养殖用水质量，彻底清淤消毒，推行生态养殖等方面着手。
1、控制水质。控制养殖用水质量通常采用取拦网和沉淀两种方法。拦网：在水源进水口设置竹箔或网片制成的栅栏，防止敌害生物、漂浮物和悬浮物进入；幼体孵化用水，在栅栏内侧再加筛网，筛网材料为尼龙筛绢，网目大小视用途而定；工厂化养殖的废水先要筛网筛除粪便、残剩饲料和悬浮物。沉淀：在养殖区进水口设置沉淀池，利用沉降和上浮作用，把悬浮物从水中分离出来。尤其是养殖面积大、水源浑浊的水体，在进水处设置沉淀池，并在池中种植水草。
2、清淤消毒。放养前彻底清淤、消毒、曝晒，将硫化氢、氨气待有害物质转化为有益物质，改善水质和底质。
3、生态养殖。大面积虾蟹养殖水体中移植苦草、菹草、伊乐藻等水生植物，为虾蟹提供植物性饲料和栖息环境，促进蜕壳，调节水质。根据环境和水体交换条件、养殖品种、苗种规格、养殖方式等合理放养，调整养殖结构。
4、投饲方式。投饲方式由人工投喂青绿饲料等植物性饲料，向颗粒化、自动化发展、向水体中投入100公斤松散饲料，损失量23.4～27公斤，这部分饲料加大了水体温表污染。投喂颗粒可减少饲料损失和水质污染。
5、生物抑菌。利用水中微生物将有机污染物氧化分解，使水质净化，多用于工厂化养殖。向水体投放EM菌等微生物，将水体和底质中的有机物、氨氮、亚硝态氮转化为有益物质，抑制有害细菌生长，防止疾病发生。
