有许多种生物都能发光，例如某些细菌、昆虫、腔肠动物，它们能发光与某种蛋白质有关，但是参与的蛋白质和发光机制不太一样。萤火虫发光是其体内荧光素酶氧化荧光素导致的，腔肠动物发光是因为体内有能发光的蛋白质，叫做发光蛋白。能发光的腔肠动物包括水母和珊瑚虫。水母体内有两种发光蛋白，1种是水母素，它在环境中有钙离子时就能发出蓝光，另一种是绿色荧光蛋白，它吸收了水母素发出的蓝光后，发出波长较长的绿色荧光。但是人们发现，绿色荧光蛋白的发光并不需要有其他因子的参与，只要用紫外线照射就能使之发光，而且绿色荧光蛋白极其稳定，又没有毒性，所以在生物学研究中应用得最多。
1992年，生物学家将水母绿色荧光蛋白的基因克隆了出来。把它的基因做一些改动，得到的发光蛋白会发出不同颜色的荧光，例如黄色、蓝色、蓝绿色的荧光。珊瑚虫的发光原理和水母的类似，不过，它的发光蛋白是红色荧光蛋白，发的是红色荧光。
如果把发光蛋白基因转入其他生物体中生产发光蛋白，其他生物体也会发光。科学家们已经创造出了许多种能发荧光的转基因动植物，比较著名的是新加坡国立大学的科学家创造出的荧光斑马鱼。
斑马鱼是一种常见的观赏鱼，它身上的条纹通常是黑白相间的。荧光斑马鱼被分别转入了水母绿色荧光蛋白或珊瑚虫红色荧光蛋白的基因，在紫外线照射下，能够发出绿光或红光。荧光斑马鱼作为观赏鱼在市场上销售，是第一种上市的转基因动物。但是科学家们想要用它来检测水中的污染情况。为此他们给发光蛋白的基因加上了“开关”——启动子。这些转基因斑马鱼平时不发光，在遇到重金属、毒素、激素时，启动子会“打开”发光蛋白的墓因，让斑马鱼立即发出荧光来。我们可以给不同颜色的荧光蛋白基因加上与不同的污染物结合的启动子，这样，我们就可以根据斑马鱼发出的是什么光，而知道水中有什么样的污染物。这种检测法极为灵敏，要比用仪器检测更便宜、更快速、更敏感。而且这些荧光斑马鱼可以反复使用，让它们撤离被污染的水域，它们就会逐渐失去荧光，放进污染水域，又会重新发光。
另一种比较著名的转基因荧光动物是荧光猪，这是把水母绿色荧光蛋白基因转入猪体内制造出来的。在紫外线的照射下，荧光猪的蹄子、鼻尖、舌头这些没有被毛发遮盖的部位发出了荧光。
