10多年来，转基因鱼研究虽有很大进展，但进展并不如人意。虽然我国有两种转GH鲤已投入生物安全性评价研究，但国内外至今尚无商业性生产的事例，虽有个别宣传性报道说，转基因鲑在苏格兰和爱尔兰已大量生产，在美国已开始养殖，但未见有科学报道。
1. 外源基因在受体鱼中的定点整合 目前所能导入的基因尚属随机，目的基因和基因定点尚不能预先精确设定，整合率和表达率低。
2. 外源基因在受体鱼中的可控表达 由于导入的基因属随机，在各受体中整合的量及部位不同，又缺少调控手段，外源基因在受体鱼中的表达也是随机的。产出的转基因鱼畸形众多；特别是在转基因鱼的后代中，各仔鱼具有的外源基因拷贝数不一样，发生分离，优良性状不能稳定。
3．转基因鱼的培育与繁殖 搞出几条转基因鱼已非难事，但转基因鱼的正常生长、成熟及繁殖，所转移的基因在后代中有效地遗传及建立起有效的繁育群体等，是今后应着重解决的切实问题。
4．转基因鱼应用的安全问题 转基因鱼释放的安全问题已受到各国政府和人民的广泛关注。证实转基因鱼应用的安全性，是转基因鱼商品化的前提。
不解决这些问题，用转基因技术培育人们所期待的优良品种和生物制品、尤其是它们的商业化生产及安全使用就难以实现。
