目前，部分水库采取施肥提高成鱼产量，打破“人放天养”的传统养殖模式，取得了一定的效果。但问题也日益暴露出来，如施肥量过大造成水质富营养化、水质污染、水生植物锐减、水库生态环境破坏等等，所以，对水库施肥实行规范管理已迫在眉捷。
一、坚持原则，确保人畜饮水安全。现在，水库大水面水产都为承包经营，承包者为提高成鱼产量，忽视库区和灌区人畜饮水安全而进行施肥，导致养鱼和人畜饮水矛盾日益突出，有的地方出现了群众集体上访事件。为此，在签订大水面水产承包合同中要规定只有在没有人畜饮水的水库施肥，切实规范水产养殖行为，确保人畜饮水安全。
二、科学定量，确保不污染水质。各市(县)政府、水产行政主管部门和环保部门要严格按照《湖北省人民政府关于同意湖北水功能区划的批复》(鄂政函[20031101号)文件精神，对水质保护要作强制性的专项规定，进一步规范水产养殖行为。对各大中小型施肥养鱼的水库每年在枯水期进行一次水质检验，水库管理处在施肥季节每月对水质进行2—3次检验，确保水质活而不死、肥而不老。同时，在承包合同中要规定“根据库容的大小确定最大施肥量”，不得超标、超量，既节约成本，又不污染水质。
三、间断施肥，确保水库水质自净能力不断提高。有的水库承包者为获得最大养殖利润，每年长期大量施肥，加上水库没有进水来源，仅靠天然下雨十分有限，水体交换量很小，从而导致水库水质老化，出现施肥量逐年增加，而鱼产量却逐年下降或徘徊不前的恶性生产现象。因此，要采取间断投施的方法，给水质以“休养生息”进行调整，恢复水生植物群落的生长繁殖，增加水中天然饲料的种类和数量，以提高水质自净能力，达到良性增产增效的目的。
四、更换投肥品种，确保肥源有效利用。每年要不断更换投施化肥的品种，杜绝一味投放一种化肥的做法，科学确定肿的比例(N：P=1：1)，采取化水泼洒法，确保化肥有效利用。有条件的水库与养殖场、养牛场、养鸡场联系，采取无机肥和有机肥混合使用的方法，发展生态养殖，提高综合效益。
五、改变投放鱼种品种比例，确保增产增效。在投放化肥的过程中，要把投放化肥量和花白鲢的比例进行科学搭配；在施有机肥的水库要提高鲤、鲫鱼种的投放比例。从而达到既改善了水质又增产增收的效果。
