大面积的水库养鱼，一般靠的是天养，或施用基肥（粪肥和发酵农家肥）和化肥；或者采用一部分水面网箱养鱼来肥水。这些方法以小型水库效果较好，特大型水库则必需在浅水区施肥或网箱养鱼肥水。
光合细菌对于水面施肥有比较明显的促进效果，两者同时使用，可以起到协同的作用。目前市场上的一些产品也是根据光合细菌与长效肥和短效肥复配制成的，如市场上的肥水剂、肥水素、肥水宝、生态养殖宝、鱼肥宝、等等，需要注意的是：这类产品不能在高产鱼塘中使用。因为这类产品的原理是：通过促进水中的浮游生物的生长来生产鱼类所需要的生物饵料，而高产鱼塘是通过使用全价鱼饲料来喂鱼的，池塘中鱼的密度非常之大，以至于浮游生物的生长速度比不上鱼类吃食生物饵料的速度，所以，最终浮游生物无法正常生长。高产鱼塘只适合于施用纯光合细菌，不能再施肥料了。所以，市场上的肥水素、肥水剂、肥水宝等产品也主要是针对水库养鱼的。
配方：发酵腐植草炭50%左右，磷酸一铵或磷酸二铵40%，用豆粕粉或菜粕粉做为吸附剂的光合细菌固体粉末10%，微量元素适量。
其中：发酵草炭制作：取草炭500公斤，加入活力99生酵剂250克即两包（事先用10公斤的玉米面混合活力99生酵剂），最后加入清水200公斤，搅拌均匀，用塑料布包紧压紧，密封发酵（25度以上）十天以上。产生曲香气味为止。发酵是因为草炭中的多数氮素和碳素均为复杂的纤维结构，腐植酸也处于非活化状态，发酵可以促进它们转化为容易消化和溶解的状态。最后，晒干或烘干，粉碎到40目备用。
固态光合细菌的制作：取豆粕粉或菜粕粉100公斤，加入浓缩光合细菌（400亿/毫升的浓度）100公斤，搅拌均匀，然后晒干或在40度以下的温度下烘干。备用。
最后是混合搅拌操作；将微量元素与少量固化光合细菌混合均匀，磷酸一铵或磷酸二铵需要磨粉处理，加工粒度为30目以上，再把上述所有物料倒入搅拌机内，混合均匀，即可包装出厂。
肥水素或肥水剂的作用原理：配方中的磷酸一铵或磷酸二铵提供水中的速效肥，使水体能够在3—5天之内起到肥水的作用，促进水体中的藻类和间接浮游动物的生长，增加溶解氧，草炭中和豆粕粉或菜粕粉中的有机肥则作为基肥起长效肥的效果，使本品能够在30天内都有一定的肥效，保持水体水色优良，呈现黄绿色或浅黄色优良水色。光合细菌则在各种肥料和水质两者中起协调作用，光合细菌吸收水中多余的氨氮、硫化氢、亚硝酸盐、甲基硫醇等，起到净化水质的作用，同时光合细菌本身营养非常丰富，特别是含有一般饲料中没有的维生素B12等，蛋白含也非常丰富，它又是浮游生物和滤食性鱼类的食物，几者形成一个有效的食物环，所以说光合细菌在本品中是不可缺少的。
本品适用于高效肥水、调水、和稳定水质：可用于一切水产养殖。促进了有效藻类的生长，而低价值藻类生长受抑制。肥效可持续近一个月，水体透明度维持20—25公分，提高水中的溶氧，抑制有害微生物生长，提高鱼类抗病力。
用法：1、施用底肥：于放苗前三天，于晴天的上午9点—下午16点，亩用肥水剂5公斤，加水稀释100倍，全池洒均匀。2、追肥：每隔25天，于于晴天的上午9点—下午16点，每备用本肥水剂1.5—2公斤，加水稀释100倍，全池洒均匀。
注意事项：1、使用时，不要与生石灰，漂白粉等碱性物质和杀菌剂一起使用，若施用了杀菌剂，则要在5天后，才能施用本品。2、使用时，不要换水，不搅水。水温低于10度时不要使用，大雨天不要使用。3、透明度在30公分以下时，要及时使用，以保证浮游生物的种群和数量，若水质太清，可以从其他池塘舀几桶水加入，增加藻类种源。4、施用本品后，若水体变浊，这是水中有害菌遇肥大量繁殖，应按每亩20公斤生石灰兑水全池泼洒，杀菌5天后，再---施本品。5、为保证效果，也可在施用本品时，每2公斤本品加入白糖50克，用水泡一陈。再施用。
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