清塘除害是指清除养成池中一切不利于虾生长和生存的因素。养虾池中大量的有机沉淀物、杂藻和小草、杂鱼及敌害鱼类都不同程度地影响虾的生长和生存，因此放养虾苗前必须进行严格的清塘处理，主要有以下几方面的工作。
（１）池塘清淤：秋季收虾后，要充分利用收完虾，排干池水这一有利时机，组织人力将整个池底表层１５厘米左右的淤泥全部挖除，避免淤积于池塘的大量残饵。对虾排泄物和生物尸体等有机物质到第二年灌水后，随水温的回升而迅速分解，产生各种有毒物质，这些有毒物质轻者影响对虾的生长，重者可造成养殖虾的死亡。
粗养池塘的清淤，由于投饵少，污染较轻，处理较简单。一般是在收完虾后，敞开闸门，让海水冲刷数日，而后排空池水，封闭小闸，曝晒池底，使残留的有机物氧化分解。同时，为了促进深层有机物的分解，需待表层有机物氧化后，用锄头或拖拉机翻耕底泥，使底层污泥暴于空气中。
（２）清除杂藻：虾塘内常滋生着大量的杂藻和水草，最常见的有刚毛藻、浒苔、沟草及大叶藻等。这些杂藻占据池塘空间，缠绕虾苗，造成虾苗或幼虾死亡。另外，杂藻还强烈吸收水中的营养，妨碍浮游生物及底栖硅藻等饵料生物的繁殖。尤其是当这些杂藻大量繁殖到一定程度时，开始大量死亡，破坏水质，造成养殖虾的大量死亡。因此，凡是有杂藻大量繁殖的池塘，在放养虾苗前必须进行杂藻清除。
清除方法：在放养前将杂藻移出池外，或用翻耕的方法，将杂藻埋入泥中。也可用早期肥水的方法，限制杂藻的滋生。具体措施是：在灌水后立即施肥，使浮游生物首先繁殖起来，从而降低池水的透明度，达到抑制杂藻芽萌发的目的。另外也可用７～８ｐｐｍ的硫酸铜、４～５ｐｐｍ的五氯酚钠或１～２ｐｐｍ的除草醚毒杀或抑制杂藻生长。
（３）杀除敌害：虾池中的敌害动物主要指凶猛鱼类及与虾争食的生物。如鲈、矛尾复虾虎鱼、黄姑鱼、蛹、鲷类、圆屯、四指子发、鳗、弹深鱼、海蛇、寻类、梭子蟹等都是对虾的天敌，它们能大量地捕食对虾。争食生物主要有梭鱼、鲻鱼、斑祭、鲻虾虎钱、吻虾虎鱼、弹深鱼及厚蟹、大眼蟹、白虾、长臂虾等小型虾蟹类。它们与虾争夺空间、争夺食物、消耗氧气，甚至捕食虾苗和蜕皮后活动能力弱的对虾。对于这些敌害生物主要是防止其幼体进入养殖池，在闸门设置严密的滤水网，并在放苗前进行药物清塘。
