南美白对虾养殖60天后，应在做好水质调控的同时，及时改良虾池底质。改良底质是改善水质的基础，病原往往通过池底的有机污染物生长繁殖，再通过水体扩散传播。改良底质的措施如下：
严格控制投饵量，根据天气、水质状况合理投料，一般控制在投饵后1小时内吃完为宜。
养殖后期每15－20天施用一次微生物制剂和底质改良剂。使用效果较好的微生物制剂有鱼虾生长素(CBS)、活水宝(芽孢杆菌)、亚氨净、硝化宝(纯硝化细菌)等，能有效调节水质和改良底质。同时，每隔20－30天施一次优得净或(1＋1)底改净、颗粒氧等底质改良剂，以改善中下层水质和改良底质。尽量少用吸附型底质改良剂如沸石粉、木炭等吸附性物质，因为此类物质会大量吸附水体中的氨氮等有害物质并沉积池底，造成底泥中氨等有害物质迅速升高，进而发生底臭，极易引发对虾死底症。建议多使用鱼虾生长素(CBS)、EM原露等复合型微生物制剂，将残饵、排泄物、动植物尸体等使底质变坏的隐患及时分解消除，改善底质和水质，控制病原微生物蔓延扩散。
在饲料中长期添加“适可耐”、“产酶益生素”等强效抗应激物质或有益微生物制剂，可提高对虾的抗应激能力和免疫力，促进饲料营养的吸收转化，从而降低饵料系数，从源头上解决对虾排泄物对底质和水质的污染，节约养殖成本，减少发病率。
高温天气应多开增氧机增氧，并适当延长增氧机的开机时间，通过增氧机的搅水曝气作用，改善虾池底部环境。
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