微藻饵料培养一般区分为：实验室培养和生产性培养两种方法。实验室培养依据使用目的不同，又可分为单种培养和“克隆”无菌培养。一般作饵料用时，只要做到单种培养就可以，如要进行生理生化试验，有时须进行“克隆”无菌培养，生产性培养一般区分为一级、二级和三级培养。一级是藻种活化培养。二级是藻种扩大培养，三级是投喂饵料的培养。
（1）单种或克隆培养：单种即指培养的藻种可以是1个以上的母源细胞分裂繁殖起来的，其母源细胞只要在显微镜下确认是同一分类种就行。“克隆”则严格标藻种必须是1个母源细胞分裂繁殖起来的子孙（克隆内的遗传性状全部是一样的）。这类培养除了杂藻和原生动物必须摒除外，细菌等微生物是允许与微藻同时存在的。培养容器一般使用玻璃试管和50-100毫升的三角烧瓶，在自然温度和自光照下，封闭式静止培养，每天轻轻摇动两次，也可以在光照、温度人工可控的空调室或或培养箱中培养。根据不同藻种的生物学特性。每1-2个月更新接种一次。
（2）克隆“无菌培养：无菌培养有洗涤法、抗菌素法、紫外线法等。其中抗菌素法较为方便有效。 但各种微藻和微生物对不同抗菌素的不同浓度耐受力不同，在进行微藻无菌培养时，要作多次试验，才能筛选出适宜的抗菌素种类和浓度。
这里介绍一种简便的抗菌素法：在琼脂平板中央放上些青霉素、链霉素、红霉素等抗菌素的晶体或粉末，任其自由扩散，再在平板上划线或喷雾接种上微藻。在强光和较低温度下培养15天以上。平板上有些位置上的抗生素浓度正好对细菌有抑制或杀死作用，而微藻尚能存活，能生长出一些藻落，镜检后将这些藻取出接种入试管中培养，就有可能达到无菌分离培养的目的。
现在国外使用环丝氨酸50毫克/升（杀灭霉菌）和环己酰亚胺5毫克/升（杀灭细菌）作微藻的无菌分离培养，效果较好，可试用。
微藻中的细菌或霉菌是否已被杀死。这还需在细菌培养基上作无菌检验，如果这种微藻培养物在黑暗中培养15天（25-30℃），没有发现细菌或霉菌生长，就认为是无菌分离培养成功，但细菌在短时间生长后就会死亡，所以在检测定的期间内，要随时经常检查，必要时要用相差显微镜来检定。
（3）一级培养：平时实验室的藻种，为了延长接种间隔时间，往往使藻种生长处于比较抑制的状态，所以在藻种生产开始前1-2个月，就需要将要使用的藻种预先进行活化培养，取原始藻种到新鲜培养液中，置于最适培养条件下培养，使藻种尽快达到指数生长期，以后每隔1周左右扩种一次，一直使这部分藻种处于旺盛的指数生长期。培养容器主要是200-5000毫升的三角烧瓶，进行封闭式静止境中养，每天轻轻摇瓶5-6次。
（4）二级培养：将经活化处理的藻种，扩大接种到10000-20000毫升的玻璃细口瓶中，也有使用透明玻璃钢容器或透明聚乙烯薄膜袋作容器的，一般在1000立方米的对虾育苗场或200-300立方米的扇贝育苗场，应备有10000毫升的细口瓶100-200个，原则上应采取封闭静止培养，防止意外的生物污染，细口瓶的消毒、摇瓶、搬动等都较方便，缺点是比较笨重和易破碎，玻璃钢容器或薄膜袋则不易消毒，封闭静止培养时管理困难，需要用通气方式来搅拌藻液，
（5）三级培养：微藻三级培养的容器主要是用敞口的水泥池，底及壁最好能用白色瓷砖铺盖。饵料培养池的水体与动物育苗水体的比例：对虾育苗为1：10，扇贝育苗为1：2-1：3（以0.5米水深计）。培养池呈长方形，面积5-15平方米，池深0.5-0.8米，饵料室须用平板玻璃或透明玻璃钢波形瓦（透光率大于70%）覆顶，四壁须有较宽大的窗户，晴天时光照强度应达到10000勒克斯以上，另外也可用农用圆筒式聚乙烯薄膜，平铺在光滑地面上，两端绑扎一塑料硬管，稍稍吊起抬高，由一端通入压缩空气，另一端作出气口，作“地龙”式培养。或将直径较细的筒状薄膜对折成“V”字形，将两端吊在支架上，底部坐在水泥或木板平台上，作悬空式培养。或用矩形框架式薄膜袋培养。这些培养方式的优点是污染程度轻，有时可在露天培养，特别是在早春气温较低时，培养效果较敞口水池更好。缺点是薄膜容易破损，造成藻液严重渗漏，以致培养失败，如果改用较厚（0.10-0.12毫米）的尼龙聚乙烯复合薄膜，破损问题可以解决，价格虽高些，但可多次重复使用。三级培养一般都采用通气式培养，每立方米培养水体的通气坚贞不屈可控制在60-70升空气/分钟。如果用CO2可将压力瓶中的CO2通入气体混合室内，配成含1-3%CO2的空气混合气体通入培养藻液中，可以缓慢地连续通气，在封闭式高密度培养中，也可较大量地进行间隙通气，通入量视温度、光照、PH等具体情况而定。
在原生动物多发地区，通气培养容易引起敌害生物的污染，所以在用水泥池培养时，可用静止式培养，只是在白天用长把丁形搅棒搅动藻液5-6次，搅拌时要上下、左右四面搅动，不要使藻体形成旋涡，以免造成培养物的局部沉积。
在三级培养中另一个值得注意的问题是，如果是新建的水泥池，因水泥泛硷，PH升高，一定要多次洗刷，浸泡1个月以上才能使用，如果时间紧促，也可在池子内壁涂刷RT-176防水乳液两扁后使用。
