选择养殖海马的品种，包括品种的选择和亲海马的选择两个方面。
在养殖品种的选择方面：目前我国能够进行全人工养殖的品种主要有大海马、斑海马和日本海马三种。但日本海马个体小，产量低、价格低，效益差，故一般用作人工养殖时最好选用大海马和斑海马。
在亲海马选择方面：主要从自然海区捕捞或海马养殖场选购。据作者的饲养经验，选购时，除要求选择个体粗壮、体形完整，健康无病、游泳活泼、摄食力强、颜色鲜艳、用手捉拿挣扎有力、雌性腹部膨大且生殖孔突出、雄性育儿袋膨大且较长之外，在年龄上最好选用2龄的亲海马。因为2龄的亲海马产出的幼苗，不仅数量多，而且质量好，用于人工培育时，生长速度最快，培育成活率最高。
这里必须指出，当前我国各地海马养殖场由于长期一直采用近缘繁殖，所以造成今天养殖的海马，个体越来越小，体质越来越瘦弱，病害越来越多，适应环境能力越来越差，培育成活率越来越低。因此，建议各海马养殖场，应经常从自然海区捕捞的野生亲海马中进行筛选驯化，或者从现养的粗大强壮个体中进行远缘繁殖选优复壮，以用优势种夺取养殖中的稳产和高产。
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