在水库中能够正常自然繁殖的经济鱼类主要是鲤鱼和鲫鱼。这两种鱼都在浅水区的水草—亡产卵。由于水库中水草少，而且很多水库在这些鱼的生殖期间水位下降很快，所以这些鱼的自然繁殖很受限制，大都需要加以保护和辅助。
有些水库中还有鲂、鳊、鲴等能够自然繁殖的鱼类。这些鱼分别在河口区的水草上、水流中和石砾上产卵。由于大都资源不足，所以也需要加以保护。
1、保护原有的产卵场。绝大多数水库都是水草少，鲤鲫鱼的产卵场很有限，所以在生殖期间应该加以保护。究竟要全部保护，还是只保护重点的几处，这要看水库中水草的生长情况，和鲤鲫鱼的资源情况。如果水库中水草较多，在水库中分布较广，鲤鲫鱼的资源较丰富(可根据鱼的多少和生长快慢判断)，可以只保护重点的几处，甚至可以完全不保护如果水库中水草很少，分布很集中，鱼的资源又较贫乏，就应该全库保护。保护的具体措施是规定从产卵期开始的一个月内，不准在划定的范围内捕鱼、割草和放鸭。
有鲂、鳊、鲴自然繁殖的水库，对于这些鱼类的产卵场，也应通过制定禁渔期和划定禁渔区的办法加以保护。
2、设置人工产卵场。水草严重不足，鲤鲫鱼的资源很贫乏的水库，应设置鲤、鲫鱼的人工产卵场。就是向水库中水深o.5-1m，风浪较小，没有水流的浅水区，投放类似鲤鱼池塘繁殖所用的那种筏式鱼巢(浮式的效果较好)。每一处应当多投放一些，沿库岸排成一条，以便诱集较大的产卵鱼群。大中型水库，应在不同区域分设几片，使产卵鱼群容易找到。根据鲤、鲫的生殖习性，人工产卵场应设在水库的中上游。
设置产卵场的时间，应该正好在该水库这些鱼的产卵期。过早了，鱼巢会腐烂或沉积淤泥，降低附卵效果；过晚了，又会错过了产卵时机。绝大多数水库鲤鲫都在春末、水温上升到16℃-18℃时产卵(特别是雨后涨水时)；但也有少数山地深水水库，由于这时放水灌溉、水位下降很快，鲤鲫生殖受到抑制，要一直等到汛期到来，水位上涨时才产卵。因此，在决定设置时间时应先了解水库往年的产卵时间。
附着了卵子的鱼巢，可以拿到用网片隔离并用生石灰或漂白粉清过的库湾中或放在大网箱中孵化。直到发育好的鱼苗自行离刀：鱼巢，穿过网片或网箱游入库中，方可收起鱼巢、网片或网箱。
3、救护幼苗。鲤鲫鱼的幼苗对于水位变动反应较迟钝，在水位急剧下降时，常大量地被困在消落区的洼坑中，最后被干死或被鸟兽吃掉。这样损失的细苗数量常十分可观，对资源的实际影响很大。因此，救护幼苗的工具有重大意义。救护的方法很简单，或者开沟引流，使被困的幼苗随水回到库中；或者直接将鱼捕起，用水桶放回库中。
4、其他保护措施。
(一)保护水库水质，防止工矿废水或其他有毒污水排入水库。
(二)严禁毒鱼、炸鱼、放鱼鹰等破坏资源的捕鱼方法。
(三)防止鱼病传染。进行人工放养，或移殖其他水生生物时，应进行严格的鱼病检查，防止将新的鱼病带入水库。
