在紫菜养殖过程中，除了附着性的硅藻类外，危害最大的要算绿藻类中的浒苔、礁膜、石莼、丝藻和尾孢藻等。由于这些绿藻类大量附生在紫要网帘和筏架上，致使紫菜壳孢子的萌发、生长和加工成品的质量等级等带来一定的危害。
清除绿藻可采取下列措施：一是加强出苗期的海上管理，适时晒网，把杂藻消灭在萌芽状态。二是网帘全苗后，成菜养育开始以前（密挂网帘疏散前），将进行一次较为彻底的晒网，将大部分绿藻晒死。三是在紫菜养成阶段（养成后期），基本上不进行晒网处理，可采用手拔的方法摘除夹杂在紫菜中的绿藻。四是日本利用柠檬酸剂清除绿藻，其方法是，将附生绿藻的网帘浸入盛有1%的工业用柠檬酸的海水容器约30-40分钟。然后用清洁海水将残留液冲洗干净，效果显著。但要严格掌握药液浓度，浸泡时间亦不宜过长，否则往往会将紫菜苗杀死。五是用1%的硫酸铜溶液，清除筏架、浮绠上的绿藻类，效果不错。但此法不能用于清除苗网上的绿藻，否则紫菜和绿藻将被一起杀死。六是利用紫菜对低温的忍耐比绿藻强的特性，可在短时期内进行冷冻处理，这也是清除绿藻的好方法。
