中国水产科学研究院成立30年来，立足渔区经济发展和渔民持续增收，整合科研资源，创新成果转化机制，紧紧抓住创新成果的适用性、推广方式的有效性和技术应用的主动性三个关键环节，大力推进农科教结合、产学研协作，把科技人员引入生产第一线，推动了我国渔业快速稳定的发展。
院属各单位面向产业需求，倡导把“论文写在大地上、成果留在千万家”，努力构建“课题来源于实践、成果应用于生产”的有效机制，组织和引导广大科技人员直接面向渔业生产，切实解决渔民需求。在水产良种繁育、健康养殖、病害防治、资源增殖保护、渔业装备与工程等方面突破了一大批关键技术，并迅速将技术推广应用，一次又一次掀起了水产养殖发展的新高潮。
随着科技成果转化的不断加强，中国水产科学研究院的科技产业实现了从无到有、稳步健康地发展。截至2007年12月，全院各单位投资设立（含入股）科技型企业共28家，2004—2007年科技产业总收入每年稳定在一亿元左右，净利润每年上千万元。
2004年以来，中国水产科学研究院响应农业部关于开展渔业科技入户示范工程的号召，累计在全国20多个省市地区，组织开展800多场次技术指导讲座和培训班，培训农渔民和水产工作者12万多人次，发放科技资料13万多份，还开展渔业科技西部行、对口技术支援等工作，培训和引导广大渔民选择水产良种良法，有效地提高了渔民科学文化素质和科技应用水平。各地院属单位纷纷结合当地渔业生产实际，制定了科技入户重点活动方案，坚持做到“关键环节主动入户，突发事件及时入户，技术咨询随时入户”。
中国水产科学研究院还坚持“开放办院”方针，以全国重点渔区和龙头企业为合作伙伴，通过机构共建、项目合作、专家援助等模式，深入开展“院地”、“院企”合作，探索“农科教结合，产学研协作”工作新机制。水产院先后与河北、天津、山东等十多个地方政府及十多家国内渔业龙头企业建立了密切的科技合作关系，牵头启动了产学研共建“山东半岛现代海水养殖产业基地群”。以“院所作为地方和企业的科技研发中心、企业作为院所成果转化和中试基地”为思路，切实解决地方渔业经济和企业发展中的技术难题，为促进渔业健康发展和提高企业核心竞争力提供科技支撑。
院属各单位先后引进、驯化和育成的“黄海一号”中国对虾、建鲤；“夏奥一号”奥利亚罗非鱼、大菱鲆、史氏鲟等一大批具有重要经济价值的水产良种，已成为我国水产养殖主导品种，从根本上解决了老百姓吃鱼难的问题。研发成功的“池塘高产综合技术、深水抗风浪网箱养殖、浅海生态养殖、工厂化养殖、盐碱地水产养殖、微生物制剂调控水质”等一系列高效、生态养殖技术，研制的草鱼出血病细胞弱毒疫苗、草鱼细菌性三联疫苗、淡水鱼类细菌性败血症疫苗等多种水产动物疫苗以及数十种水生动物病害防治药物，推广的贝类净化技术、海洋生物酶的开发利用技术、高海况打捞设备及技术、渔船渔港设计、减灾防灾技术等，在生产上得到广泛推广应用。
“十五”期间，全院承担各类研究课题1035项，科研经费总量达3.2亿元；116项科技成果获得各级奖励，其中获国家科技进步二等奖3项、省部级奖50项；有2名专家新当选为中国工程院院士。科技成果在生产上推广应用，年创社会经济效益百亿元以上。
院属各单位科技型企业积极发挥技术人才优势，努力打造国家级科研院所品牌，现已形成了以水产苗种繁育及养殖、渔用药物和健康养殖产品、渔用饲料和渔业装备四大行业为主，水产品加工、休闲渔业为辅的格局，发挥了科研实验基地、科技成果转化示范基地和科技示范窗口的作用。同时，为院所创造了比较稳定的科技收入，有力地支撑了各单位科研工作的顺利开展，为单位改革、发展和稳定发挥了积极作用。
为明确全院未来15年发展战略，2005年以来，中国水产科学研究院开始编制院中长期发展规划，确定了全院发展的战略定位，即“坚持产业导向，突出自主创新，加强推广应用，促进和谐发展”，用15年时间，形成“科学研究、技术支撑、成果转化、人才培养”四大体系，基本实现“一流院所、三个基地”的发展目标，把全院建成世界水产养殖科学创新中心，国际渔业资源与生态环境科学创新中心，国家渔业质量安全科学研究与监测中心和国家渔业装备科学与工程技术研发中心。
作为中国渔业科技研究的“国家队”，中国水产科学研究院正迈着坚实的步伐，向着中国渔业科技事业发展的目标奋进。
