地震后，成都重灾区鱼池出现大量死鱼现象，极易滋生传染性病菌，污染空气和水源，给灾区酿成第二次灾害。为此，成都市组织专家，对这些死鱼采取深埋、消毒处理等措施，有效消除灾后环境污染和水质变坏等后患。
地震发生后，成都市水务局抗震救灾指挥中心即组织市农林科学院水产研究所等部门专家研究、商讨水生动物受损情况，并提出初步处理意见：一是全面组织死鱼打捞，不得随意抛弃；二是采取焚烧、消毒、深埋等措施对死鱼进行处理；三是对鱼池、水渠及周边影响区域进行防疫消毒；四是确保地震造成的大量死鱼得到妥善处理。
截止5月18日，成都市重灾区共深埋、消毒处理死鱼800余吨；消毒后就地利用渔场化粪池处理死鱼40吨；浇注汽油焚烧后掩埋死鱼10吨；并对渔场周围村庄、鱼池、道路进行了消毒处理。
