为了全面掌握农业生产条件和农业生产、服务基本情况，国务院决定从2006年起开展第二次全国农业普查。这是一次以农业为重点，以农村为基础，以农户为依托的“三农”普查。普查指标覆盖了农作物种植业、林业、畜牧业、渔业和农林牧渔服务业，其中涉及渔业的主要指标包括海水养殖面积和淡水养殖面积，淡水养殖面积中包括了池塘、水库和湖泊三项指标。目前，第二次全国农业普查工作已经结束，主要普查结果已经国务院常务会议批准通过。
鉴于水产养殖面积普查数据与常规统计数据存在较大差异，根据《中华人民共和国统计法》，国家统计局会同农业部提出了水产养殖面积、水产品产量等数据的调整方案，商定采用下管一级的原则核定各省（区、市）2006年和2007年渔业统计主要数据。2006年水产品产量调整是以2006年农业普查水产养殖面积结果为基础，以各省（区、市）当年的养殖单产水平、养殖结构以及近些年农业部开展的海洋捕捞抽样调查结果为参考依据，在保持渔业占大农业产值比重基本不变、捕养比例基本不变的前提下，经综合测算各省（区、市）水产品产量调减比例后确定的。2007年的水产养殖面积、产量等数据，则以调整后的 2006年相关数据为基础，以各省上报的2007年统计年报为参考进行调整确定。历史数据的调整原则和办法将在专门研究后另行确定。
调整后，2006年全国水产养殖面积依据普查结果为552.546万公顷，其中海水养殖面积127.176万公顷，淡水养殖面积425.370 万公顷；在淡水养殖面积中，池塘养殖面积172.730万公顷，水库养殖面积128.280万公顷，湖泊养殖面积103.520万公顷。2006年全国水产品总产量相应调整为4583.6万吨，比原年报数低13.36%。其中海水养殖产量1264.2万吨，淡水养殖产量1853.6万吨，海洋捕捞产量 1245.5万吨，淡水捕捞产量220.4万吨，分别比年报数低12.55%、13.72%、13.63%和13.36%。调整后的养捕比为68∶32，海淡水产品的比重为55∶45。
调整后的2007年全国水产养殖面积为563.321万公顷，同比增长1.95%。其中海水养殖面积133.126万公顷，淡水养殖面积 430.195万公顷，池塘养殖面积177.007万公顷，湖泊养殖面积105.792万公顷，水库养殖面积126.002万公顷，同比分别增长 4.68%、1.13%、2.48%、2.19%和降低1.78%。调整后的2007年全国水产品总产量为4747.5万吨，同比增长3.58%。其中海水养殖产量1307.3万吨，淡水养殖产量1971万吨，淡水捕捞产量225.6万吨，海洋捕捞产量1243.5万吨，同比分别增长3.42%、 6.33%、2.39%和降低0.15%。养捕比例为69∶31，相比2006年养殖比例提高了1个百分点；海淡水产品的比重为54∶46，相比2006 年降低了1个百分点。
这次数据调整是国家统计局和农业部依法对常规统计数据的修正，两个部门在对外使用时都必须以上述数据为准，并作为农业核算的依据。
